A Área de Proteção Ambiental das Ilhas e Várzeas do rio Paraná é uma unidade de conservação de uso sustentável constituída por áreas públicas e privadas e tem como objetivos disciplinar o processo de ocupação das terras, proteger os recursos bióticos e abióticos dentro de seus limites e assegurar o bem-estar das comunidades locais.
Com uma área de 1.003.059 hectares, a APA compreende ilhas e ilhotas do rio Paraná, águas interiores, áreas lagunares, várzeas e áreas de terra firme que margeiam o rio Paraná.
Possui em seu interior e entorno, o Parque Nacional da Ilha Grande, o Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema, além de APA´s municipais, RPPN's, Esec Caiuá, Esec Mico Leão Preto e Parque do Morro do Diabo. Desse modo a região se configura em um mosaico de Unidades de Conservação que abrange os estados de São Paulo, Paraná e Mato Grosso do Sul.
Dentre os objetivos da APA ainda estão a proteção da fauna e flora, especialmente as espécies ameaçadas de extinção, tais como o cervo-do-pantanal (Blastocerus dichotomus), a anta (Tapirus terrestris) e a onça-pintada (Panthera onca);a conservação dos remanescentes da Floresta Estacional Semidecidual Aluvial, dos ecossistemas pantaneiros e dos recursos hídricos; a proteção dos sítios históricos e arqueológicos; o turismo ecológico, científico e cultural, e demais atividades econômicas compatíveis com a conservação ambiental; o incentivo à manifestações culturais regionais, assegurando o caráter de sustentabilidade da ação antrópica na região, com ênfase na melhoria da qualidade de vida das comunidades da Unidade; atuar como Zona de Amortecimento para o Parque Nacional de Ilha Grande.
A gestão do APA conta com problemas relacionados à ocupações irregulares das margens de corpos d'água; incêndios criminosos; diminuição dos recursos pesqueiros e consequente empobrecimento das populações tradicionais, por conta das alterações no rio Paraná; regulação do nível hidrológico do rio Paraná (Usinas Hidrelétricas); drenagem e ocupação das áreas de várzea; extração ilegal de madeira; tráfico de animais silvestres; criação de animais exóticos (búfalos); atividade de pesca ilegal, em áreas protegidas (Parques); mortandade de peixes e indícios de contaminação do rio Paraná; contrabando e uso irregular de agrotóxicos; presença de empreendimentos com alto potencial de poluição hídrica; expansão sem planejamento da agricultura e pecuária; e o desconhecimento da população em geral da existência da unidade. (Fonte: Governo Municipal de Naviraí. Disponível em http://www.navirai.ms.gov.br/node/1946. Acesso em 12\05\2013)

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